Rastgele Arttırılmış Polimorfik DNA

 

RAPD; Polimorfik DNA'nın Rastgele Amplifikasyonu anlamına gelir ve bir PCR türüdür.  PCR  polimeraz zincir reaksiyonu anlamına gelir, moleküler biyolojide basit ama önemli bir tekniktir. Bu teknik, belirli bir bölgedeki DNA segmentini çoğaltmak veya kopyalamak için kullanılır. RAPD hassas ve güvenilir olmasının yanında uygun maliyetlidir. DNA termosikler ve jel elektroforez sistemine sahip bir laboratuvarda uygulanabilir. Hedef organizmanın DNA dizisi hakkında bir bilgiye ihtiyaç yoktur.  Bu yöntem de DNA amplifikasyonuna dayalı bir tahlilde nükleotit sekansı polimorfizmlerini (iki veya daha fazla farklı fenotipin aynı tür popülasyonunda bulunması),  yalnızca tek bir rasgele nükleotit sekansı primeri kullanarak saptar. Bu reaksiyonda tek bir primer türü, DNA dizisinin zıt şeritlerinde iki farklı bölgede genomik DNA'ya bağlanır. Bir mesafe içindeyse bölgeleri birbirlerini yükseltebilir ve termosiklik amplifikasyon yoluyla ayrı bir DNA ürünü üretilir. Bireyler arasındaki polimorfizmler, primer bağlanma bölgelerinin birinde veya her ikisinde dizi farklılıklarından kaynaklanır ve belirli bir RAPD bandının varlığı veya yokluğu olarak görülebilir.  RAPD tekniği yapının genotipinin belirlenmesi, genom yapılarının araştırılması, taksonomik çalışmalar, evrimsel problemler, ebeveyn belirleme, genetik varyasyonun belirlenmesi gibi bir çok yöntem de kullanılmaktadır. Örneğin bu yöntem saydığımız alanlara ek olarak bir cinayetin çözülmesine de yardımcı olmuştur.  3 Mart 1992’de Phoenix’te bir alanda kadın cesedinin bulunmasının ardından cinayet şüphelisi olarak bir kamyoncu gözaltına alınmıştır. Ama ellerinde kesin bir kanıt yoktu. Kamyonda herhangi bir kalıntıya rastlanmamış olmasına rağmen içeride ağaç tohumlarına rastlandı. Olayı inceleyen bir dedektifin cinayet mahaline tekrar gittiğinde gözüne çarpan bir ağaç oldu ve cinayetin çözülmesine katkı sağlayacağını bilmediği bu ağaçtan birkaç tohum aldı. İşte olaylar tam da bu noktada kesişti. Tohumların Palo Verde isimli aynı ağaç türüne ait oldukları belirlendi.  Ancak hala cinayetin çözülmesine yetecek bir sonuca ulaşamamışlardı çünkü iki ayrı yerde bulunan tohumların aynı ağaca ait olup olmadığının bulunması gerekliydi. Palo Verde, Arizona’nın iklimine uyum sağlayabilen birkaç ağaç türünden biri. Bu yüzden sıkça rastlanabilir. Tam da bu noktada Arizona Üniversitesi’ndeki bitki genetikçisi Dr. Timothy Helentjaris bu tohum kabuklarını karşılaştırmak için Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA (RAPD) tekniğinden yararlandı. Dr. Helentjaris RAPD tekniği ile iki tohumun DNA’sının aynı olduğunu kanıtladı. Bu sayede cinayet aydınlatılmış oldu. Kamyon şoförüne ömür boyu hapis cezası verildi.

Kaynakça:

• PCR amplification assays: RAPD, Ambika B Gaikwad, [online: nbpgr.ernet.in]
• RAPD-PCR as a Rapid Approach for the Evaluation of Genotoxin-Induced Damage to Bacterial DNA, Rosanna Tolafo, Aldo Corsetti, PMID: 28710766
• RAPD (RASTGELE ARTTIRILMIŞ POLİMOFİK DNA) BELİRLEYİCİLERİ VE BİTKİ SİSTEMATİĞİ, S. ÖZ AYDIN, [online: dergipark.org.tr]
• What is PCR?, [online: sciencelearn.org.nz]
• Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), [onlime: ncbi.nlm.nih.gov]
• Mark Bogan'ın Kamyonu ve Adli Botanik: Bitki DNA’sı ile Çözülen İlk Cinayet, [online: evrimagaci.org]
• Rapd Principle görseli [online: google.se]